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Scriptis – lancer des scripts Iris automatiquement

Une application en ligne de 2004 qui peut automatiser le traitement d’images avec Iris.

A tester sur les dernières versions d’Iris.

usage:     scriptis <traitement.scr> param1 param2 param3 ….

 

  • Le principe est très simple: le programme lit le fichier texte «traitement.scr» et  envoie ligne après ligne les commandes à Iris. Quelques commandes internes supplémentaires sont définies.

 

  • Scriptis ne fait aucune vérification de syntaxe et les commandes sont envoyées telle qu’elles à Iris. Pire, si une commande échoue, le script passera à la suivante sans tenir compte de l’erreur

 

  • Il n’est pas possible d’envoyer deux fois d’affilé la même commande (sauf si les paramètres diffères). Intercalez une commande sans influence sur l’image  pour pallier à cette limitation (ex : gauss 0.2, puis stat ou bg, puis gauss 0.2)

 

  • Certaines commandes sont non-bloquantes pour iris (toutes celles qui peuvent être interrompues par le bouton “stop” de la barre d’outil). C’est le cas de bestof. Utiliser pause pour manuellement valider la fin de la commande ou wait pour attendre un fichier (qui peut être un fichier tel que select.lst créé par bestof ou la dernière image d’un traitement.

 

  • Pour que Scriptis trouve la fenêtre console de Iris, celle-ci doit avoir comme  titre “Commande” ou “Commande -”. Ouvrir une nouvelle console ou taper “entrée” dans la fenêtre existante avant de lancer Scriptis.

 

  • La console d’Iris n’accepte qu’environ 2500 commandes à la suite avant de se bloquer.

 

Commandes « internes » :

delete <fichier*>

cette commande permet d’effacer un fichier ou un groupe de fichier lorsqu’il n’est plus nécessaire ! Très utile lorsqu’on  n’a pas 30 Go disponibles sur le disque.

pause

Cette commande émet une série de bips et attend l’intervention de l’utilisateur avant de continuer l’exécution du script. Ceci permet d’intervenir dans iris par exemple pour sélectionner une zone de l’image

wait <fichier>

Certaines commande d’iris rendent la main à l’interface pendant l’exécution de la commande… c’est le cas de la commande « bestof  » par exemple. Scriptis réagit mal et a poursuit l’exécution du script alors que la commande bestof n’est pas terminée. wait <fichier> permet donc de mettre scriptis en attente sur un fichier donné par exemple « wait <select.lst> » attendra la création du fichier select.lst avant de poursuivre l’exécution du script. (Ne pas oublier de faire un delete <select.lst> avant de lancer bestof sinon scriptis détectera la présence du fichier avant la fin de la commande)

silent                    

Cette comande passe scriptis en mode silencieux. La commande pause n’émettra plus de son.

Paramètres : Il est possible de paramétrer le script de traitement en utilisant #numero_de_parametre

 

Commentaires : Il est possible de mettre une ligne en commentaire en la faisant précéder de //

 

Exemple de fichier script où #1 est le nombre d’images à traiter :

load r1
noffset2 r tr 0 #1
delete <r*.fit>
load g1
noffset2 g tg 0 #1
delete <g*.fit>
load b1
noffset2 b tb 0 #1
delete <b*.fit>
cregister tr rreg 80 #1
delete <tr*.fit>
file_trans tg greg #1
delete <tg*.fit>
file_trans tb breg #1
delete <tb*.fit>
delete <select.lst>
bestof rreg #1
wait <select.lst>
select rreg rsel
delete <rreg*.fit>
select greg gsel
delete <greg*.fit>
select breg bsel
delete <breg*.fit>
add_norm rsel #1
save x
add_norm gsel #1
save y
add_norm bsel #1
save z

.

Télécharger Scriptis 0.2 - automatisation de scripts avec Iris (58 téléchargements) – 22 ko

 

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